生物分类学当中的三域系统是由Carl Woese在1990年提出的一种生物分类体系，将原核生物分成了两大类，起初称为真细菌(Eubacteria)和古细菌(Archaebacteria)。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两类生物和真核生物一起从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来，因此将三者各置为一“域”(Domain)，作为比界高的分类系统，并分别命名为细菌域(Bacteria)、古菌域(Archaea)和真核域(Eukarya)。